Ada bahan pengawet yang legal karena menurut BPOM (Badan Pengawas Obat dan Makanan) dalam kadar tertentu aman di gunakan sebagai bahan tambahan dalam makanan. ini dapat mengganggu kesehatan tentunya Misalnya: Benzoat, propionat, nitrit, nitrat, sorbat dan sulfit. Namun, jika dikosumsi dalam waktu yang lama, akumulasi bahan tersebut tetap rawan menimbulkan gangguan kesehatan. Terlebih, ada beberapa pengawet yang statusnya masih syubhat seperti nisin dan potasium nitrat. Hal ini terkait dengan media fermentasi dan asal bahannya.
Ada juga bahan pengawet yang dilarang karena berpotensi menimbulkan gangguan kesehatan seperti: formalin dan borak. Sayangnya kedua bahan di atas masih sering digunakan pada produk-produk home industri seperti tahu, mie, mengawetkan ikan, daging, buah, dan sayuran dengan kadar yang tak terkontrol. Para nelayan misalnya, tidsk sedikit memilih menggunakan formalin dari pada es batu karena faktor murah dan praktis. Buah-buahan di supermarket juga rawan formalin (bahan pengawet).
Padahal formalin atau borak dapat menimbulkan gangguan hati, jantung, pencernaan, kanker dan ginjal dan lainnya. Pada dosis cukup tinggi, pengawet ini bisa mengakibatkan, pusing, mual, dan muntah, mencret, kram perut, kejang, depresi susunan saraf dan gangguan peredaran darah. Dalam dosis kecil, pengawet akan diserap tubuh dan efeknya baru akan dirasa setelah akumulasi (jumlah) pengawet dalam tubuh tinggi. Kadar formalin hingga 60% bisa dikurangi dengan cara meredam dengan air, air leri (perasan beras) atau air garam selama 1 jam.