Pertahanan fagositosis adalah penelanan kuman/zat asing oleh sel darah putih dan zat komplemen yang berfungsi pada berbagai proses pemusnahan kuman atau zat asing. Kerusakan pada sistem pertahanan ini akan memudahkan masuknya kuman atau zat asing ke dalam tubuh. Misalnya, kulit luka, gangguan keasaman lambung, gangguan gerakan usus atau proses penelanan kuman atau zat asing oleh sel darah putih (sel leukosit).
Salah satu contoh kekebalan alami adalah mekanisme pemusnahan bakteri atau mikroorganisme lain yang mungkin terbawa masuk saat kita makan. HCl yang ada pada lambung akan mengganggu kerja enzim-enzim penting dalam mikroorganisme. Lisozim merupakan enzim yang sanggup mencerna dinding sel bakteri sehingga bakteri akan kehilangan kemampuannya menimbulkan penyakit dalam tubuh kita. Hilangnya dinding sel ini menyebabkan sel bekteri akan mati. Selain itu juga terdapat senyawa kimia yang dinamakan interferon yang dihasilkan oleh sel sebagai respon adanya serangan virus yang masuk tubuh.
Interferon bekerja menghancurkan virus dengan menghambat perbanyakan virus dalam sel tubuh.
