Pada awal, penyimpanan berkas rekam medis rumah sakit ini menggunakan system desentralisasi (pemisahan antara Dokumen Rekam Medis Rawat Jalan dengan Rawat Inap). Sampai tahun 1985 Rumah Sakit Umum Pusat Dr. Sardjito Yogyakarta mengubah system penyimpanan berkas rekam medis menjadi sentralisasi (penyimpanan DRM Rawat Jalan dan Rawat Inap menjadi satu dalam satu folder) sampai sekarang.
Untuk mendukung system sentralisasi agar mendapatkan kesinambungan riwayat penyakit pasien, maka pemberian nomor pasien masuk menggunakan Unit Numbering System (UNS). Untuk mempermudah dalm penyimpanan, pengambilam dan pengembalian Dokumen Rekam Medis (DRM), maka system penjajaran menggunakan Terminal Digit Filing System (TDF).
Sejarah Rekam Medis di RSUP Dr. Sardjito Yogjakarta : Sejarah komputerisasi Instalisasi Catatan Medis Rumah Sakit Umum Pusat Dr. Sardjito Yogyakarta di mulai pada tahun 1987. Pada tahun tersebut hanya terdapat satu buah personal circuit (PC) yang digunakan bagian Analysing dan Reporting untuk mengolah laporan, kemudian pada tahun 1994 Local Area Network atau LAN pertama kali digunakan untuk pembuatan indeks dan Kartu Indeks Utama Pasien (KIUP).
Adapun visi Rumah Sakit Umum Pusat Dr. Sardjito Yogyakarta adalah:
Menjadi salah satu rumah sakit unggulan dalam bidang pelayanan, pendidikan dan penelitian di Asia Tenggara tahun 2010 yang bertumpu pada unggulan.
Sedangkan misi Rumah Sakit Umum Pusat Dr. Sardjito Yogjakarta adalah:
1. Memberikan pelayanan yang paripurna, bermutu dan terjangkau dalam masyarakat.
2. Melaksanakan pendidikan dan pelatihan di bidang kesehatan untuk menghasilkan Sumber Daya Manusia yang berkualitas.
3. Menyelenggarakan penelitian dan pengembangan IPTEK kesehatan yang berwawasan global.
4. Meningkatkan kesejahteraan karyawan.
5. Meningkatkan pendapatan untuk menunjang kemandirian Rumah Sakit.
Sebagai rumah sakit terbesar di kota Yogyakarta, Rumah Sakit Umum Pusat Dr. Sardjito berusaha mengembangkan diri menjadi rumah sakit bertaraf internasional agar mampu menangani permasalahan kesehatan dengan lebih baik. Dengan adanya Mitra Terpecaya Menuju Sehat, menjadi semangat yang dibawa oleh setiap staf kesehatan dan pengelola Rumah Sakit Umum Pusat Dr. Sardjito Yogyakarta.
